Le principe de l’EBQI (Ecosystem-Based Quality Index) est de prendre en compte l’ensemble des compartiments écosystémiques en les évaluant avec un certain nombre de métriques (Ruitton et al. 2017).
L'indicateur Lagunes Côtières est l'indicateur réglementaire mobilisé au titre de la Directive Habitats-Faune-Flore (DHFF, 92/43/CEE) pour évaluer l'état de conservation de l’habitat d’intérêt communautaire
L’indicateur « Contamination des œufs d'oiseaux » permet d’évaluer les teneurs moyennes en mercure et organohalogénés dans les coquilles d'œufs d'océanites.