La densité de Pinna nobilis (compartiment 5) est estimée le long de 20 transects de 10 m de long et 1 m de large. Durant les parcours de 10 m, le plongeur muni d’une barre de 1 m de large couche l’herbier devant lui au fur et à mesure de sa progression. En effet, afin de repérer les petites Pinna nobilis, il est indispensable de regarder minutieusement au pied des faisceaux de posidonie. La barre permet de rabattre les feuilles de l’herbier et de découvrir la base des faisceaux. Toutes les grandes nacres rencontrées sont notées. Il est recommandé de noter également la hauteur totale au-dessus du sédiment (Hs) des individus. Cette mesure n’est pas nécessaire pour le calcul de l’EBQI mais permet d’avoir une idée de la structure démographique de la population de grandes nacres. Il est également conseillé de noter la présence des coquilles brisées qui indique soit la présence de mouillage ou de chalutage dans la zone, soit la présence de prédateurs. Cette information permettra de renseigner les sources de pression.
Les filtreurs et suspensivores benthiques (hors Pinna nobilis, compartiment 6) sont dénombrés dans 30 quadrats de 1 m² disposés de manière aléatoire. A noter que c’est le nombre d’individus ou de colonies de plus de 5 cm (diamètre, hauteur ou largeur) qui est compté. Ces organismes, selon leur régime alimentaire et leur tolérance, vont permettre d’indiquer soit (i) un fort taux de matière organique (HOM pour High Organic Matter) dans la colonne d’eau, comme par exemple le spirographe Sabella spallanzanii, les ascidies Phallusia mammillata, P. fumigata et les Didemnidae soit (ii) un faible taux de matière organique (LOM pour Low Organic Matter), comme par exemple les bryozoaires, certaines éponges, l’ascidie rouge Halocynthia papillosa et la comatule Antedon mediterranea. Une note est obtenue pour chacun des groupes (HOM et LOM), en fonction des densités moyennes d’individus et de colonies obtenues. La note finale du compartiment 6 correspond à la moyenne des deux notes. Le plongeur note de la manière la plus précise possible le nom des espèces vues. Cependant, pour de nombreux taxons, il est délicat de déterminer in situ l’espèce dont il s’agit. Dans ce cas, on notera le genre ou la « famille » (en fait, taxon de niveau supérieur) (cf Tableau 4 ; Ruitton et al., 2017). Durant ces recensements, il faudra également noter la présence d’Holothuria spp. dans les quadrats pour alimenter en données le compartiment 8.