L’échantillonnage de l’ichtyofaune et de la carcinofaune dans les chenaux des prés salés constitue le socle commun du protocole de suivi et est donc appliqué sur l’ensemble des sites contributeurs.
Concrètement, les captures sont réalisées en utilisant trois engins de pêche de 2 m de hauteur, mis en place au moment de l’étale de pleine mer et disposés de l’amont vers l’aval du chenal dans l’ordre suivant : un verveux à ailes de maille 4 mm, un filet droit de maille 26 mm et un filet trémail de maille 50 mm
Dès leur mise en place, un chronomètre est lancé et les engins sont ensuite relevés périodiquement (en théorie, toutes les 20 minutes ) jusqu’à la fin du jusant, ou jusqu’à ce que le niveau d’eau soit trop faible dans le chenal échantillonné. Lors de chaque relevé, les individus capturés sont triés et comptés avant d’être relâchés à l’aval du dernier engin de pêche. Toutefois, les mortalités devant être évitées au maximum, les phases de tri et de comptage sur le terrain peuvent s’avérer délicates lors de captures d’effectifs conséquents. Dans ce contexte, il sera plutôt préférable de procéder à un sous-échantillonnage sur les plus petits poissons (longueur fourche Lf < 15 cm) et crustacés (largeur céphalothoracique Lc < 3 cm), permettant d’estimer le nombre réel d’individus échantillonnés a posteriori par le biais d’un calcul de fractionnement.
A l’issue de chaque campagne, 30 poissons de taille Lf < 15 cm des espèces « cibles » obligatoires (le bar européen, le bar tacheté) doivent être conservés à des fins d’analyses ultérieures de biométrie et de contenu stomacal en laboratoire. Au besoin, et si possible, 30 individus représentants des espèces « cibles » optionnelles (le gobie tacheté, le gobie buhotte, l’athérine prêtre, l’épinoche à trois épines, la dorade royale Sparus aurata) peuvent également être ajoutés aux autres individus conservés pour les analyses en laboratoire. Les individus les plus grands (Lf > 15 cm ; Lc > 3 cm), moins fragiles, doivent préférentiellement être identifiés, mesurés et pesés sur le terrain à l’aide d’un ichtyomètre et d’un peson, pour pouvoir ensuite être relachés dans le chenal.
Une fois ramenés au laboratoire, les individus conservés pour analyse de leur contenu stomacal sont disséqués par incision ventrale et sections à la fin de l’œsophage et au début de l’intestin, afin d’en extraire l’estomac. Ce dernier est ensuite pesé avant d’être vidé de son contenu afin d’identifier, compter et peser les proies présentes dans le bol alimentaire (l’enveloppe de l’estomac vidé est également pesée). Cette analyse permet notamment d’évaluer la fonction trophique des prés salés pour les poissons, en associant ces données aux données biométriques, ainsi qu’à l’identifiant de la relève de pêche.
En complément des mesures réalisées sur le terrain, le protocole d’évaluation des fonctions écologiques des prés salés pour l’ichtyofaune propose également la collecte de paramètres contextuels tels que la température, la salinité et l’oxygène dissous au début et à la fin de chaque relève de pêche ainsi que d’autres paramètres en lien avec la météorologie et l’éphéméride.
