La strate arborescente est la plus haute des strates. Sa présence signe un écosystème en « bonne santé » et comprend des espèces arborescentes pérennes comme Cystoseira spp., Sargassum spp., Digenea simplex et Halopithys incurva. Ici, sont considérées les espèces pérennes dont la plupart de leurs axes persistent plus d’un an. Sont donc exclues les espèces qui ne survivent que grâce à une partie basale et les espèces dont les parties en croissance ne peuvent se maintenir plus d'un an, même si l'individu peut lui survivre pendant plus d'un an grâce à un renouvellement continu (comme par exemple Caulerpa spp.). Ainsi des espèces arborescentes pérennes et non pérennes, dont les proliférations sont renforcées par les perturbations anthropiques, comme par exemple Asparagopsis spp., Codium fragile, Sphaerococcus coronopifolius, sont exclues de cette catégorie.
La strate arbustive ou brousse, située en-dessous de la strate arborescente, comprend des espèces comme Cladostephus hirsutus, Cutleria spp., Colpomenia sinuosa, Dictyopteris spp., Dictyota spp., Halopteris spp., Padina spp., Taonia spp., des algues corallines articulées non épiphytique, Chondracanthus acicularis, Gelidium spp., le groupe des Laurencieae, Liagora spp., Anadyomene stellata, Codium spp. et Dasycladus vermicularis.
La strate qualifiée de gazonnante est constituée par des espèces filamenteuses éphémères comme Sphacelaria spp., les Ectocarpacées, les Céramiales, Acetabularia acetabulum, les Bryopsidales, les Cladophorales et les Ulves.
Enfin, la strate encroûtante est constituée par des algues calcaires encroutantes (Lithophyllum spp., Neogoniolithon brassica-florida), Hildenbrandia spp., Peyssonnelia spp. et des Phaeophyceae (Cutleria spp. au stade “Aglaozonia”, Lithoderma sp., Pseudolithoderma adriaticum, Ralfsia verrucosa).
Le score de ce compartiment fonctionnel est donc déterminé par la strate la plus haute présente puisque les autres strates sont présentes de manière sous-jacente.
Afin d’estimer la couverture algale et la composition des strates dans le site évalué, il est préconisé d’effectuer une prospection large du site en notant, sur le terrain, une estimation visuelle du recouvrement des différentes strates. Il est bon d’accompagner l’observation par la prise de photographies et/ou de vidéos permettant, d’une part, de revenir sur le jugement fait lors de l’exploration et, d’autre part, de confronter les avis des différents observateurs. L’acquisition d’images du site permet également de garder en mémoire l’état du site à un moment donné et de pouvoir avoir des documents de référence pour le futur. Il est possible également de noter le pourcentage de chaque strate algale lors des comptages de la macrofaune benthique (compartiments 2, 3 et 4).