Les éponges perforantes Cliona spp. sont capables de perforer les supports calcaires (roches, coquilles de mollusques, corallinacées, etc.) où elles vivent. On ne voit alors que les ostioles (regroupés en papilles, pores inhalant) et les oscules (pores exhalant) qui sortent du substrat. Ces éponges se présentent sous 3 formes différentes : forme alpha qui se développe à l’intérieur du substrat calcaire et n’est visible que par les oscules ; la forme bêta ou encroûtante apparaît lorsque l’éponge se développe à la surface du substrat qu’elle érode par-dessous ; et enfin la forme gamma ou massive. En Méditerranée, on observe essentiellement les formes alpha et bêta. Le premier paramètre consiste à quantifier la présence de cette éponge selon une échelle semi-quantitative, en fonction de sa forme et de la quantité des papilles présentent à la surface des bio-concrétions.
Le second paramètre est relatif à la présence des oursins violets Sphaerechinus granularis. Cet oursin est en fait un racleur qui par son action mécanique contribue à l’érosion des algues calcaires. Cet oursin est donc connu pour être largement impliqué dans la bioérosion des concrétions du coralligène en Méditerranée. L’érosion due à cette espèce est fonction de la taille des individus et de leur densité.
L’estimation des éponges perforantes est réalisée à partir de l’analyse des 30 quadrats photographiques de 0,5 m sur 0,5 m pris le long d’un transect de 40 m de long et déjà utilisés pour les compartiments 2 et 3. La densité des oursins violets Sphaerechinus granularis est déterminée par le comptage des individus le long de 10 transects de 25 m de long sur 1 m de large. Ces transects sont réalisés par un plongeur simultanément aux transects de comptage visuel des poissons. Dans ce cas-là, le plongeur comptant les poissons précède le plongeur comptant les oursins. Le plongeur comptant les oursins effectue les comptages dans un couloir de 1 m de large qu’il matérialise avec une barre de 1 m de long qu’il tient devant lui. Cette technique permet d’avoir deux plongeurs proches l’un de l’autre lors de ces comptages sur de longues distances. Ces transects sont les mêmes que ceux permettant de quantifier les holothuries et les bonellies (compartiment 10).