Les planctonophages (compartiment 6) incluent deux catégories : les consommateurs exclusifs de zooplancton comme les anthias, les castagnoles ou les athérines et les consommateurs omnivores qui vont consommer à la fois du zooplancton et de la matière organique particulaire comme les bogues ou les oblades. Les prédateurs et les omnivores (compartiment 7) présentent des régimes alimentaires diversifiés. Parmi eux, les omnivores incluent les espèces comme les sars Diplodus spp. et les muges (Mugilidae) qui vont consommer à la fois des macroalgues et des invertébrés pour les sars mais aussi de la matière organique particulaire pour les muges. Les poissons prédateurs d’invertébrés incluent les espèces dont le régime alimentaire est composé d’invertébrés comme les annélides, les crustacés et les mollusques. On inclut également dans ce compartiment les céphalopodes. Les piscivores (compartiment 8) ont un régime alimentaire préférentiellement composé de poissons même s’ils peuvent se nourrir d’invertébrés.
L’acquisition de la donnée sur le terrain se fait par comptages visuels, de la même manière que pour l’écosystème de l’herbier à Posidonia oceanica, à l’exception de la dimension des transects, qui est de 25 m de long sur 4 m de large. Les transects sont placés à des profondeurs à peu près constantes donc parallèles à la pente. Chaque transect couvre une surface de 100 m² et 10 comptages sont effectués entre 10:00 et 16:00. A noter ici également, que les comptages des oursins violets Sphaerechinus granularis (compartiment 4 des bio-érodeurs), des holothuries et des bonellies (compartiment 10 des détritivores benthiques) se font sur les mêmes transects de comptage de poissons mais par un plongeur suivant le plongeur compteur de poissons, afin de ne pas perturber les recensements des poissons.
Enfin, pour l’ensemble des espèces de poissons un indice spécifique de diversité relative (SRDI) est calculé. Il correspond au nombre moyen d’espèces par transect (moyenne du nombre d’espèces dans chaque transect).