Les espèces sont dénombrées dans les quadrats : 10 quadrats pour l’infralittoral supérieur et 8 quadrats pour l’infralittoral inférieur.
1) Espèces caractéristiques
Il s’agit de dénombrer les espèces caractéristiques (Tableau 3) au sein de l’infralittoral supérieur et de l’infralittoral inférieur.
Tableau 3 : Liste des espèces caractéristiques en fonction de l'écorégion (Le Gal & Derrien-Courtel, 2015).
2) Espèces opportunistes
Ces espèces sont comptabilisées en nombre d’individus et une note est attribuée selon leur densité totale. Les espèces prises en compte sont les mêmes pour les niveaux 1-2 et 3 ainsi que pour les 3 écorégions, exception faite de Codium spp. et Cladophora spp. qui sont considérées comme opportunistes pour le Pays Basque (Tableau 4).
Tableau 4 : Listes des espèces opportunistes (Le Gal & Derrien-Courtel, 2015).
3) Présence d’espèces indicatrices de bon état écologique
Pour chaque écorégion, deux espèces sont définies comme indicatrices d’un bon état écologique. Pour l’écorégion Pays de Loire-Manche occidentale et l’écorégion Manche orientale, ces espèces sont deux algues brunes : la laminaire Laminaria digitata et Padina pavonica. Pour l’écorégion pays basque, il s’agit de la rhodophycée Gelidium corneum et de Padina pavonica. Lorsque l’une ou l’autre de ces deux espèces indicatrices est présente, un point est ajouté à la moyenne des deux sous-indices « espèces caractéristiques » et « espèces opportunistes » pour l’infralittoral supérieur uniquement.