Pour les sites en mer d'Iroise et de la rade de Brest, une seconde campagne d'échantillonnage est réalisée en automne dans le cadre du suivi de l’Observatoire de l'IUEM.
Moyens matériels : navire océanographique pouvant travailler en zone très côtière avec système de mise à l'eau de la benne, 1 benne de surface d’échantillonnage égale à 0,1 m² (benne Day, Smith-McIntyre ou Van Veen), cartes, données sonar ou Rox-Ann, données biologiques antérieures sur le banc, containers pour les échantillons, tamis de 1mm, formol dilué à 10 % avec de l'eau de mer, rose de bengale pour colorer la faune, table de tri, colonne de tamis AFNOR, étuve, four.
Avant d'effectuer les prélèvements une étape préliminaire est nécessaire qui consiste à cartographier la majeure partie des bancs de maërl. Ce suivi préliminaire sert à sélectionner les points de suivis dans chacun des sites. Cette étape est importante étant donné que de nombreux bancs présentent une structure discontinue. Les suivis cartographiques sont réalisés à partir de données acoustiques (sonar à balayage latéral) et données vidéos complétées par des prélèvements à la benne. Pour la partie Bretagne, cette étape a été réalisée par Grall & Hily (2002) puis par Hamon et al. (2010) et pour le secteur de Belle-Île par Dubreuil et al. (sous-presse).
- Macrofaune :
L’échantillonnage est réalisé avec une benne de surface d’échantillonnage égale à 0,1 m² (benne Day, Smith-McIntyre ou Van Veen). Pour chaque station, trois réplicats sont réalisés. Ainsi au sein de chaque site, neuf échantillons de 0,1 m² sont prélevés. Le contenu de la benne est déversé dans un conteneur étanche (ex : bac de criée). La benne doit au minimum pénétrer de 5 à 7 cm dans le sédiment. Le prélèvement est ensuite pris en photo avant son tamisage (maille de 1 mm, préférentiellement maille ronde). Lors du tamisage, le jet d'eau doit être dirigé indirectement avec une pression pas trop forte pour éviter d'endommager les spécimens. Le refus de tamis est placé dans des conteneurs étiquetés à l'extérieur et à l'intérieur (calques ou étiquettes plastiques) puis fixés au formol dilué à 10 %. Une coloration au rose de bengale peut être appliquée (200 mg/éch.) pour faciliter le tri en laboratoire. Le tri et l'analyse taxonomique sont effectués en laboratoire possédant l'assurance qualité (ISO/DIS 16665).
- Paramètres du sédiment (non pris en compte dans le calcul du GPBI) :
Les échantillons dédiés à l’analyse de la granulométrie et du taux de matière organique sont obtenus avec une benne (Smith-McIntyre, Day ou Van Venne ; 0,1 m²). Un échantillon est prélevé par station soit trois échantillons par site.
Une première partie du prélèvement est utilisée pour l'étude de la granulométrie. Le profil granulométrique est réalisé après tamisage sur une colonne de tamis AFNOR.
Une seconde partie est utilisée pour mesurer le taux de matière organique par la méthode de la perte au feu (à 450°C).