L'endofaune constitue un compartiment clé, influencé par la taille des grains de sédiments et la teneur en matière organique. Une partie de l'endofaune peut également faire partie de l'épifaune. Trois groupes trophiques se distinguent :
- Filtreurs et suspensivore (7a) : représentés par Phoronida, bivalves (e.g. Laevicardium oblongum et Acanthocardia deshayesii), Porifera (e.g. Suberites domuncula), Ophiuroidae et annélides tels que Serpulidae ;
- Détritivores (7b) : regroupe les détritivores de surface ou sub-surface comme les annélides, Petta pusilla ou les Capitellidae (si taux de MO élevé), les autres vers (Echiura, Sipuncula, Nematoda), et les mollusques tels que Turritellinella tricarinata, Moerella donacina, Abra nitida et A. prismatica ;
- Carnivores dont les charognards(7c) : annélides tels que Nephtyidae, Eunicidae ou Polynoidae, gastéropodes tels que les Naticidae ou Conidae, les décapodes et les étoiles de mer.
Les fonds détritiques côtiers, en particulier en circalittoral supérieure, se caractérisent par une granulométrie relativement grossière, diminuant avec la profondeur. Il influence directement le réseau trophique dans les sédiments. Par conséquent, les sédiments grossiers abritent une teneur plus faible en matière organique et une diminution de l'abondance de l'endofaune.
Le compartiment de l'endofaune est évalué à partir de la teneur en matière organique dans les sédiments (en pourcentage).