La valeur structurelle des végétations est évaluée à partir de :
- la présence d’espèces compagnes (facteur positif) : la présence de plus de 50 % des espèces compagnes positives dans le polygone de la végétation est considéré comme un facteur positif.
- la présence ou non d’espèces envahissantes : la présence de Spartine anglaise (Spartina anglica) ou de Chiendent du littoral (Elytrigia acuta) occupant plus de 10 % de la surface de la végétation est considérée comme un facteur négatif.
- l’extension spatiale de la végétation au sein du polygone : la présence d’une végétation non morcelée (extension spatiale remarquable) sera considérée comme un facteur positif. Au contraire, une végétation fragmentée au sein du polygone sera considérée comme un facteur négatif. Le morcellement des végétations nuit à leur expression propre et à leur rôle écologique. Il s’agit de pénaliser les végétations dont la répartition est fragmentée au sein du polygone.
- la présence de végétations sous différents états, stades, phases : la présence de différentes phases dynamiques d’une végétation au sein d’un polygone, en particulier les stades pionniers, est un facteur positif car elle est le signe d’un bon fonctionnement écologique et garantit la pérennité de la végétation.
- la présence d'un surpâturage, identifié par l'observation d’une végétation broutée très rase (inférieure à 5 cm de hauteur moyenne), et la présence de sols mis à nu par le passage des animaux, est un facteur négatif
- la présence de fauche et/ou tonte intensives : les fauches ou les tontes répétées rendent la végétation homogène et basse, voire rase. La présence d’une végétation homogène et basse sous l’action de fauches / tontes répétées est donc à prendre en compte dans le calcul de la valeur structurelle comme un facteur négatif.
- la présence d'un sol nu et/ou d'ornières (facteur négatif) : au sein d’un polygone de végétations, il s’agit de noter l’éventuelle présence de sol nu lié aux activités anthropiques (piétinement, travaux, etc.) ou d’ornières liées au passage de véhicules. Dans le cas de sol nu lié au pâturage, utiliser le paramètre « surpâturage ».
- la présence d'un sol retourné : au sein d’une zone de végétations, le retournement de sol est une altération facilement observable sur le terrain. C’est le cas des labours des concessions de Salicornes, qui visent à recréer des sols nus qui favorisent le développement des Salicorniaies, végétations pionnières.
Les critères sont considérés comme des facteurs positifs ou négatifs pouvant s’appliquer à chaque communauté végétale à l’échelle du polygone. La somme des facteurs positifs (Vs+) et des facteurs négatifs (Vs-) détermine la valeur structurelle (Vs) de la végétation dans le polygone. Sachant que la valeur Vs est obligatoirement comprise entre +2 et -2.
La prise en compte de la valeur structurelle des végétations dans la méthode « IQPE » est un point important. Cela permet de mettre en perspective la valeur indicatrice de la patrimonialité des végétations avec l’état physique des végétations, et donc la qualité fonctionnelle réelle de ces végétations. En effet, une végétation à haute valeur patrimoniale observée avec peu d’espèces caractéristiques présentes ne remplira pas le même rôle fonctionnel qu’une végétation similaire avec l’ensemble de ses espèces caractéristiques.