L’indicateur « Etat écologique des masses d'eau » permet d’évaluer le taux de masses d’eau DCE en bonne qualité écologique. Certains parcs utilisent également les données des masses d'eau DCE des bassins versants.

L’indicateur « Transparence » permet d’évaluer le paramètre "transparence" effectué dans le cadre des suivis pour la DCE (percentile 90). C'est un élément de qualité utilisé  pour l'évaluation de l'état écologique des ME.
 

L’indicateur « Oxygène dissous » permet d’évaluer le taux d'oxygène dissous dans l'eau de mer effectué dans le cadre des suivis pour la DCE. Cet indicateur est un des éléments de qualité utilisé  pour l'évaluation de l'état écologique des ME.

L’indicateur « Classement des sites de baignades » permet d’évaluer le taux de zones de baignades, au sein d’une zone d’observation, classées en qualité « bonne » ou « excellente ».

L’indicateur « Surface herbiers » permet d’évaluer l’évolution de la surface totale d’herbier dans l'AMP (Posidonie ou autres espèces).

Certaines aires marines protégées (ex : le Parc naturel marin du golfe du Lion) ont pour ambition de devenir une zone de référence pour le partage des connaissances scientifiques. Si le territoire doit être reconnu, cela implique qu’il devienne une zone de partage privilégiée.

Suivi de l'état de conservation des récifs coralliens : Indicateur de synthèse intégrant la vitalité corallienne et la biodiversité associée aux récifs.

Indice permettant de calculer l'indicateur "Etat de conservation des récifs coralliens"

Cet indicateur de pression de pêche doit permettre d’évaluer la pression totale de la pêche professionnelle embarquée, au sein de l'AMP.