Le protocole est déployé en plongée sous-marine et s'effectue par la prise de photographies sous-marines à l'aide de photoquadrats. Afin d’éviter des biais d’échantillonnage lors du choix des quadrats, un protocole d’échantillonnage (Figure 1) a été mis en place.

Figure 1 : Protocole d'échantillonnage pour la prise d'images (Bizien et al. 2024).

Sur un banc de maërl, un bout de 10 mètres est fixé au sol à l’aide de piquets, rendus visibles avec des bouées flottantes. Tous les mètres le long de ce bout, un quadrat de 0,1 m² est posé alternativement à droite et à gauche. Le plongeur se place au-dessus du quadrat, à une distance telle à avoir au maximum le quadrat dans le cadre de la photographie, c’est-à-dire que les bords du quadrat doivent au maximum se rapprocher des limites de l’image, sans jamais que ce quadrat ne les dépasse. Au total, un minimum de 10 images sont à effectuer pour un site, il est cependant préconisé d’en prendre une de plus au cas où, lors de l’analyse, une image soit inutilisable (floue, nuage de sédiment, ombre, …).

Les images sont analysées par le logiciel Image J (Ferreira & Rasband 2012) selon la méthodologie préconisée par le rapport méthodologique Tauran et al. (2023). Les paramètres suivants sont mesurés : recouvrement (maërl vivant, maërl mort, sédiment, faune, flore, cyanobactéries, ...), abondance des espèces de faune, surface par espèce d'algues.