L'indicateur Lagunes Côtières est l'indicateur réglementaire mobilisé au titre de la Directive Habitats-Faune-Flore (DHFF, 92/43/CEE) pour évaluer l'état de conservation de l’habitat d’intérêt communautaire
Les protocoles de récolte des données sont ceux issus des différentes campagnes halieutiques.
Le chalut de fond est déployé depuis un navire océanographique pendant une durée déterminée et à faible vitesse (3 à 4 nœuds). La durée varie selon la profondeur du prélèvement.
Les individus sont identifiés jusqu'à l'espèce ou à un niveau taxonomique plus élevé si l'identification est impossible ; ils sont également dénombrés et pesés. Les espèces commerciales (Homarus gammarus, Crangon crangon, Maja brachydactyla, Pecten maximus, Aequipecten opercularis, Palaemon serratus, Nephrops norvegicus, Buccinum undatum, Cancer pagurus, Aristaeomorpha foliacea, Aristeus antennatus, Parapeneus longisrostris, Bolinus brandaris) et les céphalopodes sont exclus du jeu de données car ciblés par les pêcheries.
Les prélèvements sont effectués à l’aide d’une benne Van Veen sur environ 20 points d’échantillonnage par banc. Ces prélèvements sont répartis en prospectant toute la zone potentielle de développement du banc d’après la carte de localisation des bancs.
La benne remontée à bord est déposée dans une caisse, le maërl est ensuite étalé sur une surface de 1/10 m² (surface de la benne Van Veen). Au hasard sur cette surface, un prélèvement de 156,25 cm² (1/64ème m²) est isolé à l’aide d’un carottier inox carré. Cet échantillon est conditionné dans un sac plastique numéroté et daté. Lorsque l’échantillon est nul ou trop peu important pour y prélever une carotte, un second prélèvement est effectué. L’échantillon le plus pertinent est conservé. Lorsque la surface de l’échantillon n’est pas suffisante pour prélever la carotte, l’ensemble de l’échantillon est placé dans le sac annoté.
Une fiche terrain est établie pour chaque sortie précisant :
- la description des conditions météorologiques ;
- la description des conditions de prélèvement est notamment indiquée si l’absence d’échantillon est due à de mauvaises conditions météorologiques ou à deux réplicats infructueux.
Si les échantillons ne sont pas immédiatement triés, il faut les congeler.
Chaque échantillon est trié en isolant les brins vivants. Les thalles vifs sont ensuite disposés sur une feuille de papier où est dessinée une grille de tri de 15 cm × 15 cm découpée en 100 carrés de 1,5 cm de côté qui permettra une évaluation statistique du taux de maërl vivant/mort. Le tri s’effectue d’après la couleur des brins : blanc = mort ou rouge/rose/orange = vivant. (Si absence de maërl, noter « 0 »). Les résultats sont exprimés en nombre de carrés remplis par le maërl vivant.