Stratégie temporelle
Il est recommandé d’échantillonner au printemps et à la fin de l’été, mais les périodes d’échantillonnage sont à adapter selon le contexte de terrain et selon le gestionnaire, qui connaît finement les conditions locales (e.g. épisodes météorologiques). De plus, il est important de noter que les périodes d’échantillonnage adéquates pour les macrophytes sont à la fin de l’hiver/début printemps et à la fin du printemps/début de l’été.
Pour la fréquence d’échantillonnage, la périodicité des relevés d’indicateurs est laissée à l’appréciation du gestionnaire. En effet, le rythme de rapportage ne s’impose pas à l’évaluation à l’échelle du site qui est destinée à éclairer l’opérateur sur ses choix de gestion et à déclencher une éventuelle révision du document d’objectifs du site (plan de gestion). De plus, certains paramètres peuvent être relevés à des périodicités différentes.
Protocole de récolte
Le protocole de terrain et les paramètres évalués sont différents pour la façade Méditerranée et pour la façade Atlantique.
Le protocole est détaillé pour les lagunes atlantiques dans le Guide d'application (Lepareur et al. 2018).