Acquisition des données : suivi NATURA 2000 lagunes côtières Atlantique et Méditerranée
Pour la fréquence d’échantillonnage, la périodicité des relevés d’indicateurs est laissée à l’appréciation du gestionnaire. En effet, le rythme de rapportage ne s’impose pas à l’évaluation à l’échelle du site qui est destinée à éclairer l’opérateur sur ses choix de gestion et à déclencher une éventuelle révision du document d’objectifs du site (plan de gestion). De plus, certains paramètres peuvent être relevés à des périodicités différentes.
Le protocole de terrain et les paramètres évalués sont différents pour la façade Méditerranée et pour la façade Atlantique.
Le protocole est détaillé :
- Pour les lagunes méditerranéennes dans le Guide d'application (Lepareur et al., 2018) et dans le Classeur technique (Barré et al., 2020) ;
- Pour les lagunes atlantiques dans le Guide d'application (Lepareur et al., 2018).

Lagunes Côtières - Indicateur d'évaluation de l'état de conservation des Lagunes côtières à l'échelle d'un site Natura 2000
L'indicateur Lagunes Côtières est l'indicateur réglementaire mobilisé au titre de la Directive "Habitat-Faune-Flore" (DHFF) pour évaluer l'état de conservation des lagunes côtières à l'échelle d'un site Nat
Acquisition des données : prélèvements de macrofaune lors des campagnes halieutiques pour le calcul du TDI
Les protocoles de récolte des données sont ceux issus des différentes campagnes halieutiques.
Le chalut à perche est déployé depuis un navire océanographique pendant une durée déterminée et à faible vitesse (3 à 4 nœuds). La durée varie selon la profondeur du prélèvement.
Les individus sont identifiés jusqu'à l'espèce ou à un niveau taxonomique plus élevé si l'identification est impossible. Les espèces commerciales (Homarus gammarus, Crangon crangon, Maja brachydactyla, Pecten maximus, Aequipecten opercularis, Palaemon serratus, Nephrops norvegicus, Buccinum undatum, Cancer pagurus, Aristaeomorpha foliacea, Aristeus antennatus, Parapeneus longisrostris, Bolinus brandaris) et les céphalopodes sont exclues du jeu de données car ciblées par les pêcheries.