Dans le coralligène, de nombreuses espèces sont détritivores c’est-à-dire qu’elles participent à la dégradation de la matière organique. Ce compartiment complexe est quantifié par la densité des holothuries (Holothuria spp.) et des bonellies vertes (Bonellia viridis), consommatrices de macrodétritus. Ces espèces sont simples à dénombrer et sont représentatives de l’activité détritivore dans un site. La bonellie possède un corps globuleux caché dans les anfractuosités et la partie visible est sa trompe qui peut atteindre 2 m de long et qui lui permet de collecter sa nourriture. A l’extrémité de la trompe se trouvent deux expansions latérales en forme de T. Les détritivores sont généralement moins abondants en l’absence de pollution ou de sur-sédimentation d’origine anthropique. L’abondance des détritivores est mesurée dans les mêmes transects que les oursins violets Sphaerechinus granularis (compartiment 4). Les comptages des oursins violets, des holothuries et des bonellies se font sur les mêmes transects que les comptages de poissons mais sont effectués par un plongeur suivant le plongeur qui compte de poissons afin de ne pas perturber les recensements des poissons.

Le compartiment de la matière organique benthique regroupe la matière organique particulaire sédimentée sur le substrat ainsi que la litière détritique. La matière particulaire est composée à la fois de matière organique et de matière minérale ; cependant il n’est pas possible de faire la distinction entre les deux in situ. La litière détritique est composée de débris d’organismes aussi bien végétaux qu’animaux.