Deux paramètres sont ajoutés pour les suivis DCSMM, l'épifaune vagile et l'endofaune (Janson et al., 2018).

Epifaune vagile :

Afin d’échantillonner l’épifaune vagile à chaque point de suivi de l’herbier, trois traits d’haveneau d’une longueur unitaire de 10 m sont réalisés dans une lame d’eau de 15 à 50 cm. Les traits doivent être effectués à marée descendante en évitant soigneusement de rééchantillonner un secteur déjà visité.
L’haveneau préconisé a une ouverture linéaire d’un mètre et possède un filet d’une maille d’ouverture d’un millimètre. La surface unitaire d’échantillonnage (i.e., par trait) est de 10 m2.
L’extrémité du filet peut être fermée par une pince ou munie d’un système collecteur ajustable (Figure 1D à 1G). A la fin de chaque trait, le filet est sorti de l’eau puis soigneusement rincé afin de collecter les individus potentiellement accrochés aux mailles du filet. Il faudra veiller à rincer le filet par ses côtés ; le rinçage via l’ouverture du filet est totalement proscrit (ceci risquant d’ajouter au prélèvement des individus non‐collectés pendant le trait). L’extrémité du filet est ensuite ouverte afin de récupérer l’échantillon (en sac, en pot ou en collecteur ajustable). De retour au laboratoire, les échantillons d’épifaune sont conservés suivant deux méthodes selon que l’échantillon est analysé rapidement après récolte ou non :
(i) si les échantillons sont traités moins d’une semaine après l’échantillonnage, la congélation (‐40°C) est conseillée ;
(ii) si les échantillons ne peuvent pas être traités dans la semaine suivant l’échantillonnage, ils devront alors être conservés dans une solution de formaldéhyde diluée à l’eau de mer (concentration finale comprise entre 3,5 et 4,5%) et neutralisée au tétraborate de sodium.

Les specimens sont ensuite identifier à l'espèce puis mis en collection.

Endofaune :

A chaque point de suivi de l’herbier, trois prélèvements destinés à l’étude de la composition spécifique et l’abondance relative de l’endofaune sont effectués au moyen d’un carottier à main en PVC. Ses caractéristiques sont identiques à celles du carottier utilisé pour l’échantillonnage de la macrofaune benthique de substrat meuble du dispositif de surveillance DCE‐MIB (MacroInvertébrés Benthiques ; Garcia et al., 2014 ; Figure 2). Sa surface unitaire d’échantillonnage étant égale à 0,029 m2, la surface d’échantillonnage de l’endofaune par point de l’herbier est égale à 0,87m². Dans le cas où le sédiment est peu compact et afin de ne pas perdre une partie de l’échantillon au moment de son transfert en sac ou en tamis, des carottes de plus petit diamètre (diamètre interne = 113mm) peuvent être utilisées ; dans ce cas, ce sont 3x3 carottes par point de l’herbier qui seront réalisées, respectant ainsi la surface  d’échantillonnage (≈0,9m²/point). Il est important, dans le cadre de ce suivi, de toujours utiliser le même engin d’échantillonnage(e.g., même surface unitaire de prélèvement). Chaque carotte de sédiment est ensuite tamisée sur une maille de 1 mm avant d’être conservée dans une solution de formaldéhyde diluée à l’eau de mer (concentration finale comprise entre 3,5 et 4,5%) et neutralisée au tétraborate de sodium. Les specimens sont ensuite identifier à l'espèce puis mis en collection.

Lors de l’échantillonnage, il est recommandé d’effectuer les carottages :
‐ sur une vingtaine de cm de profondeur,
‐ dans un secteur non‐perturbé par le passage des opérateurs, en évitant notamment les zones prospectées lors de l’échantillonnage de l’épifaune vagile à l’haveneau.