Avant d'effectuer les prélèvements une étape préliminaire est nécessaire qui consiste à cartographier la majeure partie des bancs de maërl. Ce suivi préliminaire sert à sélectionner les points de suivis dans chacun des sites. Cette étape est importante étant donné que de nombreux bancs présentent une structure discontinue. Les suivis cartographiques sont réalisés à partir de données acoustiques (sonar à balayage latéral) et données vidéos complétées par des prélèvements à la benne. Pour la partie Bretagne, cette étape a été réalisée par Grall et Hily (2002) puis par Hamon et al., 2010 et pour le secteur de Belle-Île Dubreuil et al. (sous-presse).

Macrofaune :

L’échantillonnage est réalisé avec une benne Smith-McIntyre. Pour chaque station, 3 réplicats sont réalisés. Ainsi au sein de chaque site, 9 échantillons de 0.1m² sont prélevés. Le contenu de la benne est déversé dans un conteneur étanche (ex : bac de criée). La benne doit au minimum pénétrer de 5 à 7 cm dans le sédiment. L'échantillon est ensuite pris en photo avant le tamisage. Les échantillons sont tamisés sur un tamis de maille d'1 mm, préférentiellement de maille ronde. Le jet d'eau doit être dirigé indirectement avec une pression pas trop forte pour éviter d'endommager les spécimens. Le refus de tamis est placé dans des conteneurs étiquetés à l'extérieur et à l'intérieur (calques ou étiquettes plastiques) puis fixés au formol dilué à 10 %. Une coloration au rose de bengale peut être appliquée (200 mg/éch.) pour faciliter le tri en laboratoire. Le tri et l'analyse taxonomique sont effectués en laboratoire possédant l'assurance qualité (ISO/DIS 16665)

Vitalité et paramètres du sédiment :

Les échantillons pour la granulométrie, le taux de matière organique (perte au feu) et le pourcentage de recouvrement par le maerl vivant sont  réalisé avec une benne Smith-McIntyre (0,1 m²). Un échantillon est prélevé par station soit 3 échantillons par site.

- Vitalité :

Un sous échantillonnage de 1/64 m² est effectué l'étude de la vitalité. Le prélèvement résultant de ce sous-échantillon est ensuite trié en laboratoire : les brins de maërl vivants sont isolés des brins morts puis sont étalés sur une feuille de papier millimétré.

- Sédiment :

Une première partie du prélèvement est utilisée pour l'étude de la granulométrie. Le profil granulométrique est réalisé après tamisage sur une colonne de tamis AFNOR.

Une seconde partie est utilisée pour mesurer le taux de matière organique par la méthode de la perte au feu (à 450°C)

Mégafaune :

La mégafaune est échantillonnée avec une drague AQUAREVE sur les mêmes points de suivi que ceux de la macrofaune. Afin d’alléger la charge annuelle de traitement d’échantillon il paraît nécessaire d’étaler l’étude de la mégafaune du maerl sur une période de 6 ans en n’échantillonnant qu’un ou deux bancs par an. Les échantillons de mégafaune sont triés directement à bord du navire océanographique.