• Couverture des algues macroscopiques sur substrat rocheux :

Le protocole d'échantillonnage est comparable à celui développé pour les ceintures de macroalgues intertidales des MEC. Pour le suivi des fucales des hauts niveaux de l'estran des estuaires les trois ceintures Pelvetia canaliculata, Fucus spiralis et Ascophyllum nodosum + Fucus vesiculosus sont suivies. Les couvertures de macroalgues sont mesurées au niveau de trois points fixes de 1,65 m x 1,65 m par ceinture. Au sein de ces points fixes, trois quadrats aléatoires de 33 cm x 33 cm sont disposés. Au total, 9 quadrats et 0,9 m² sont suivis pour chacun des trois niveaux bathymétriques. La couverture de chacune des espèces présentes dans chaque quadrat est évaluée à l’œil nu. La fourchette de recouvrement est la suivante : [0%-5%[, [5%-25%[, [25%-50%[, [50%-75%[ et [75%-100%[ (médianes 2,5%, 15%, 37,5%, 62,5% et 87,5%, respectivement, pour les calculs).

En fonction de la longueur et de la configuration de l'estuaire, cinq à dix points fixes sont repérés par GPS tous les 50 m en moyenne (25 à 100 m) en remontant vers l'amont, de préférence du même côté du cours d'eau (pour des raisons pratiques). Si possible, ces points sont fixes dans le temps, mais ils peuvent être changés en cas de modification importante des berges.

• Occurrence des macroalgues vertes et des cyanobactéries dans les banquettes à Vaucheria :

Les algues présentes sous forme de masses filamenteuses vertes à la surface du substrat meuble sont prélevées à l’emporte-pièce (environ 2 cm de diamètre) dans chaque quadrat, à raison de 3 prélèvements (carottes ; utiliser un outil de type épépineur de pommes) par quadrat (environ 3 cm² de tapis algal avec le moins possible de sédiment sous-jacent). Après ensachage et étiquetage, les échantillons sont ramenés au laboratoire pour observation au microscope, à raison de 3 préparations par prélèvement (observation de toute la préparation à l’objectif 20, après élimination optimale du sédiment). Les échantillons peuvent au besoin être stockés au congélateur avant identification.

L’occurrence des Vaucheria (filaments verts siphonnés), des Chlorophyceae (filaments verts cloisonnés) et des cyanobactéries (en pseudo-filaments ou trichomes) est évaluée dans chaque préparation (dans sa totalité) d’après la surface occupée par chaque groupe taxonomique relativement à l’ensemble des trois groupes, au moyen de plusieurs champs successifs dans un plan entre lame et lamelle. L’expression de cette occurrence est notée sous forme de pourcentage relatif de Vaucheria, Chlorophyceae et cyanobactéries (par exemple : 90 % Vaucheria, 9 % Chlorophyceae, 1% cyanobactéries (au moins 1 trichome présent) ou 50% Vaucheria, 50 % cyanobactéries, etc.).

Pour ces estimations une analyse d’image est effectuée avec le logiciel ImageJ 1.6.0_24 (Rasband W.S., National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, http://imagej.nih.gov/ij), car les spectres de couleur des Vaucheria, cyanobactéries et Chlorophycées sont suffisamment différents.