Le nombre d’espèces de décapodes et de poissons associés est estimé dans la grotte entière. Pour les cérianthes (Cerianthus membranaceus et Arachnanthus oligopodus) une échelle semi-quantitative est utilisée.

Le nombre d’espèces de décapodes et de poissons caractéristiques est estimé dans la grotte entière.

L’évaluation des mysidacés est réalisée sur une échelle semi-quantitative de leur abondance. L’acquisition de la donnée est effectuée par l’exploration de la grotte depuis l’entrée jusqu’au fond de la grotte accessible.

• Richesse spécifique des détritivores et omnivores :

Évaluer le nombre d’espèces de détritivores et d’omnivores durant l’exploration de la grotte durant 5 min.

• Nombre d'individus d'une même espèce :

Mesurer le nombre d'individus d'une même espèce pendant 5 min.

• Recouvrement :

Le recouvrement des organismes filtreurs est déterminé à partir de photographies standardisées d’une surface comprise entre 1 et 4 m². La surface photographiée sera fonction de la taille de l’entrée de la grotte. Suivant le quadrat et la surface à l'entrée de la grotte, 1 à 16 photographies standardisées sont prises. Les photographies seront prises à quelques mètres de l’entrée de la grotte, à partir de la position où les suspensivores deviennent rares. Afin de ne pas impacter le substrat, un plongeur tient le quadrat et un plongeur prend les photos. Chaque quadrat est ensuite analysé afin d’estimer le recouvrement total des filtreurs pour les organismes de grande taille et de petite taille. L’évaluation finale de ce paramètre est la moyenne du recouvrement des filtreurs dans chaque quadrat photographique.

• Stratification verticale :

La stratification est évaluée par l’absence de strate (S = 0), la présence d’organismes de quelques millimètres formant une strate (S = 1), la présence de 2 strates avec des organismes mesurant plusieurs centimètres et avec présence de stratification (S = 3) et enfin la présence de 3 strates avec des organismes mesurant plusieurs décimètres (S = 4).

• Recouvrement :

Le recouvrement des organismes suspensivores est déterminé à partir de photographies standardisées d’une surface comprise entre 1 et 4 m² prises à l’entrée de la grotte. La surface photographiée sera fonction de la taille de l’entrée de la grotte. Suivant le quadrat et la surface à l'entrée de la grotte, 1 à 16 photographies standardisées sont prises.

Afin de ne pas impacter le substrat, un plongeur tient le quadrat et un plongeur prend les photos. Chaque quadrat est ensuite analysé afin d’estimer le recouvrement total des suspensivores. L’évaluation finale de ce paramètre est la moyenne du recouvrement des suspensivores dans chaque quadrat photographique.

• Strates :

La stratification verticale. Les organismes présents dans les grottes sont caractérisés par une sélection de groupes morphologiques présentant une diminution de la taille depuis l’entrée de la grotte jusqu’au fond de la grotte. Cette modification est engendrée par la diminution des éléments nutritifs. Par conséquent, la stratification verticale des organismes sessiles nous renseigne sur la disponibilité en éléments nutritifs pour les suspensivores et les filtreurs dans les grottes. La stratification est donc évaluée par l’absence de strate (S = 0), la présence d’organismes de quelques millimètres formant une strate (S = 1), la présence de 2 strates avec des organismes mesurant plusieurs centimètres et avec présence de stratification (S = 3) et enfin la présence de 3 strates avec des organismes mesurant plusieurs décimètres (S = 4). A noter que le statut 2 n’est pas renseigné pour ce paramètre.

Réplicats d’échantillonnage:
En fonction de la longueur et de la configuration de l'estuaire, cinq à dix points fixes sont repérés par GPS tous les 50 m en moyenne (25 à 100 m) en remontant vers l'amont, de préférence du même côté du cours d'eau (pour des raisons pratiques). Si possible, ces points sont fixes dans le temps, mais ils peuvent être changés en cas de modification importante des berges.
Comme pour le suivi des macroalgues intertidales de substrat dur, une structure mobile de 1,65m x 1,65m est positionnée à chaque marée d'échantillonnage sur chaque point et 3 quadrats de 33cm de côté tirés au sort. Sur chaque site, 18 quadrats sont donc échantillonnés tous les trois ans.

Prélèvements :
Les algues présentes sous forme de masses filamenteuses vertes à la surface du substrat meuble sont prélevées à l’emporte-pièce (environ 2 cm de diamètre) dans chaque quadrat, à raison de 3 prélèvements (carottes ; utiliser un outil de type épépineur de pommes) par quadrat (environ 3 cm2 de tapis algal avec le moins possible de sédiment sous-jacent). Après ensachage et étiquetage, les échantillons sont ramenés au laboratoire pour observation au microscope, à raison de 3 préparations par prélèvement (observation de toute la préparation à l’objectif 20, après élimination optimale du sédiment). Les échantillons peuvent au besoin être stockés au congélateur avant identification.

Paramètres suivis :
l’occurrence des Vaucheria (filaments verts siphonnés), des Chlorophyceae (filaments verts cloisonnés) et des Cyanobactéries (en pseudo-filaments ou trichomes) est évaluée dans chaque préparation (dans sa totalité) d’après la surface occupée par chaque groupe taxonomique relativement à l’ensemble des trois groupes, au moyen de plusieurs champs successifs dans un plan entre lame et lamelle. L’expression de cette occurrence est notée sous forme de pourcentage relatif de Vaucheria, Chlorophyceae et Cyanobactéries (par exemple : 90 % Vaucheria, 9 % Chlorophyceae, 1% Cyanobactéries (au moins 1 trichome présent) ou 50% Vaucheria, 50 % Cyanobactéries, etc.).

Pour ces estimations une analyse d’image est effectuée avec le logiciel ImageJ 1.6.0_24 (Rasband W.S., National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, http://imagej.nih.gov/ij), car les spectres de couleur des Vaucheria, cyanobactéries et Chlorophycés sont suffisamment différents.